En los sótanos del museo de Ciencia e Industria de Manchester hay una caja de cristal con unas pequeñas virutas que parecen fragmentos de piel seca. Estos restos son lo que queda de los globos oculares de John Dalton, el padre de la teoría atómica y el primer científico en describir la ceguera al color. Dalton dejó encargado a su médico personal que tras su muerte le extrajera los ojos y los "desnudara" para aclarar un misterio que no pudo resolver en vida: ¿Por qué él veía el mundo de manera distinta a los demás?

A partir de esta anécdota, y con la vida de Dalton como hilo conductor, El ojo desnudo reconstruye una historia de nuestro conocimiento de la visión y de la luz y nos ofrece la explicación de por qué vemos como vemos y cómo hemos alcanzado a comprender fenómenos que van mucho más allá de lo que nuestros sentidos nos permiten detectar. El periodista científico Antonio Martínez Ron intenta dar respuesta a cuestiones como qué es el color, qué es la luz y cómo hemos aprendido a mirar el universo. Un viaje desde el ojo de los primeros hombres que observaron el cielo a simple vista hasta el de aquellos que dieron la vuelta a los instrumentos para mirar dentro de nosotros mismos. Y una aventura que nos ha llevado a superar nuestras limitaciones para convertirnos en la especie que todo lo ve.